La promulgación de la constitución de 1917, que reconoce la forma de República federal, en la que los municipios constituyen la base de la división territorial de los estados federativos, en el municipio de Comondú quedaron como cabeceras municipales las comunidades de San José de Comondú y San Miguel de Comondú. 

En 1928 se suprimieron las bases constitucionales del municipio, tanto en el distrito federal como en los territorios, que de acuerdo a la Ley Orgánica de los Territorios Federales; creándose en el territorio de Baja California Sur, en lugar de municipios, las delegaciones de gobierno. Posteriormente se aplica otra reforma en 1940, restituyendo al territorio el gobierno municipal; reforma que no se llevo a cabo en el territorio siguiendo como cabeceras delegacionales las localidades de los Comondús (San José y San Miguel).

En diversos viajes exploratorios de los misioneros residentes en Loreto, y buscando lugares donde establecer más misiones, encontraron el de Comondú a unos 54 Km. al noroeste de aquel puerto, casi a igual distancia de ambos mares y donde a orillas de un manantial residían varias tribus de indios, para la conversión de los cuales se decidió establecer ahí una de las misiones fundadas por Don José de la Peña Castrejón y Salzines, Marqués de Villapuente. En 1708 se trasladaron a este sitio los padres Juan María Salvatierra, Juan de Ugarte y Julián Mayorga, este último destinado a la nueva misión, donde permaneció hasta su muerte, acaecida el 10 de noviembre de 1736.

Durante mucho tiempo los Comondú fueron pueblos prósperos y casi autosuficientes, sus huertos producían toda clase de frutos, legumbres y hortalizas. Los viejos trapiches se desperezaban durante la época de la molienda cada año y elaboraban diversos productos derivados de la caña, se fabricaba excelente vino en alambiques caseros así como aceite de oliva. Fernando Jordán decía que Comondú olía a vino y aceite de oliva. Agregaríamos que también a miel de caña, leña de mezquite y a geranios. La ganadería proveía de carne, queso, mantequilla, requesón y pieles que permitían manufacturar diversos artículos, especialmente los sacos (zurrones) en los que se empacaban dátil, higo, uva, etc., productos que eran enviados al interior del país.

Cabecera del municipio de Comondú, se localiza por la carretera transpeninsular a 147 kilómetros al suroeste de Loreto y a 211 al norte de La Paz, en el corazón agrícola del Valle de Santo Domingo. Su población se dedica a la agricultura y ganadería y en una menor escala al comercio.

Orgullo de los comundeños y de todas aquéllas generaciones de hombres y mujeres que con gran voluntad y dedicación transformaron en vergel. El desierto, cuenta con una gran gama de servicios para el visitante o personas que transitan por ella, como hoteles, restaurantes, gasolineras, bancos, tiendas de autoservicio, agencias de viajes, terminal de autobuses, trailer park, así como centros de diversión.

En las afueras de la ciudad se localiza una serie de ranchos como el de Santa Fe, ubicado a unos 10 minutos, donde el visitante puede observar un gran criadero de avestruces, siendo ésta el destino en el que se concentra la producción nacional de carne de avestruz para su exportación.

Otro interesante sitio para visitar es la empresa invernaderos Comondú, S.A., en la cual se producen 1 millón 200 mil cajas de las variedades de tomate grape, bola y en racimo, mismas que se exportan en su totalidad hacia los Estados Unidos.

Las playas y las condiciones navegables, del litoral del pacifico como los del golfo de California, permiten el desarrollo de la pesca deportiva y la práctica de deportes acuáticos. El destino turístico más importante, es la zona de Puerto Adolfo López Mateos, en donde año con año concurren nacionales y extranjeros a observar el comportamiento de la ballena gris en su natural etapa reproductiva.

Es importante mencionar que en el municipio se cuenta con dos áreas ecológicas protegidas, una localizada en la laguna de San Isidro, con una extensión de 2,750 km2 considerándose como el refugio natural del águila pescadora y de aves migratorias, como patos y gansos de collar. Así también tenemos a bahía Magdalena, puerto San Carlos y puerto Adolfo López Mateos con una extensión de 5,625 km2 que también es refugio de aves acuáticas migratorias y de la reproducción de la ballena gris, que en época de apareamiento acuden miles de turistas a observar y sacar testimonios de tal acontecimiento natural. 

Asimismo, con la incorporación de nuevos tramos de carretera se promueve, de manera dinámica, las bellezas de la zona del municipio y las poblaciones históricas, como San José de Comondú, La Purísima, San Juanico, San Isidro y San Luis Gonzaga. En cuanto a la infraestructura turística municipal se tienen 11 hoteles, con 321 cuartos; 5 agencias de servicios marítimos deportivos, con un centro de atraque en puerto San Carlos.

La gran Fiesta tradicional de esta región es la EXPO COMONDÚ, que se lleva a cabo anualmente en el mes de julio, con duración de 15 días, en los cuales hay exposiciones artesanales, comerciales, pesqueras, turísticas, industriales, presentación de artistas regionales y nacionales, actividades deportivas y eventos especiales.

Monumentos Históricos 
La zona norte del municipio es rica en monumentos históricos arquitectónicos catalogados por el INAH. Lamentablemente de la misión de la Purísima Concepción no quedan ni sus ruinas ya que fue construida de adobe. De las misiones permanecen en buenas condiciones San José de Comondú y San Luis Gonzaga. En la zona de Bahía Magdalena también se localizan importantes monumentos como la base naval de Puerto Cortés y restos de los asentamientos horchilleros.

Artesanías 
Tejido de Palma; Trabajos en Concha, Coral Negro y en Carey; Trabajos de Cuero (se confeccionan monturas, bolsas, cintos, tehuas (zapatos); Trabajos con Plumas y cascarones de Avestruz; Tallado de madera en palo Fierro, cuchillos en mango de carey y Vitrales.

Gastronomía
Machaca de Langosta, de Mantarraya y de Marlin; Mariscos y Albóndigas de Pescado, Cabrito de Leche, Empanadas de Carne, Comida Típica Mexicana (Pozole, menudo, Barbacoa, Antojitos, etc.) y Queso Regional.

Dulces
Dulces de Leche, Guayabate, Dulces en Almíbar y Piloncillo.

Bebidas
Champurrado, Café de Grano, Vino de Uva, licor de damiana y mezcal de dátil.