Ésta se fundó a principios del año de 1708 en el sitio llamado Comondú, veinte leguas de Loreto hacia el norte, en medio de la sierra de dicho nombre, cuasi en igual distancia de ambas mares. La dotó el marqués de Villapuente en 10,000 pesos, como las antecedentes. Fue su primer misionero el padre Julián Mayorga, de la Compañía de Jesús. Después de algunos años la mudaron en el sitio en donde se halla, que es una cañada angosta y larga que corre de oriente a poniente, que está el sitio en altura de 26 grados.
Después de llegar a Loreto, partió hacia el sitio destinado. El agua allí, era más dulce que la de todas las misiones, todo tipo de plantas podían crecer. El acueducto de esa área y el colegio de la misión, fueron Construidos por Mayorga. Cuando el Padre Julián murió, fue sustituido por el padre alemán Francisco Javier Wagner, quien estuvo allí hasta su muerte, el día 12 de octubre de 1744. El padre Franz Inama, inició y terminó en 1750, la iglesia más grande de todas, la cual consistía de tres naves. En la época de 1930, esta iglesia fue dinamitada (destruida). El material resultante fue utilizado para la construcción de edificios, hoy se puede observar la piedra labrada en la escuela de la localidad. La misión quedó abandonada en 1827 por falta de población. En la actualidad, la iglesia no existe, únicamente se encuentran la sacristía y la casa de los padres, que se usa como capilla.
Tiene un buen ojo de agua, que corre por una zanja con la que se riegan las tierras de dicha cañada; suele ser la siembra de ocho fanegas de trigo y cinco de maíz. Tiene sus parrales o viñas, olivos, higueras, granados y otros frutales, y algo de caña dulce que suelen moler y hacer panocha para el gasto. No padece de ordinario esta misión necesidades, por las cosechas que suele lograr de trigo y maíz; cogen bastante algodón, con que hacen sus mantas para ayuda del vestuario, y fresadas de lana del ganado menor. Tiene su iglesia y parte de la vivienda de cal y canto, con sus bóvedas, y lo demás de piedra, y todo con techo de tule.
Desde su fundación hasta el mes de enero de 1768 corrió al cargo de los padres jesuitas, y desde 8 de abril de dicho año entró a cargo de este colegio, siendo su primer ministro el padre Antonio Martínez, desde cuyo tiempo hasta 9 de diciembre de 1771, se han bautizado noventa y cuatro párvulos, y han muerto, entre párvulos y adultos, doscientos cuarenta y cinco, y se han casado veinte y ocho. No tiene pueblo de visita, pues todos viven en la misión, y se hallan existentes ochenta y dos familias de casados con doscientas diez y seis almas.
Tiene esta misión mucho ganado vacuno alzado, y de manso sólo veinte y cinco bueyes de arado; siete novillos quebrantados y seis vacas chichiguas con cinco crías; mulas mansas treinta y cuatro, y de cerreras cuarenta; caballos mansos para vaquear cincuenta y dos; potros para amansar veinte y uno; yeguas de vientre setenta y siete, con veinte crías caballares y siete mulares; potros y potrancas de dos años veinte y ocho, burros y burras doce; ganado menor de lana mil cuatrocientas sesenta y cuatro ovejas, con cincuenta y nueve crías; carneros sin castrar de varias edades seiscientos doce; carneros castrados ciento cincuenta, que todo componen 2,385 cabezas, y de cerda cuarenta cabezas; de pelo tiene trescientas sesenta y cinco cabezas.
El día 18 de diciembre se reguló tenía como doscientas treinta fanegas de trigo espinguín, tres de candeal y doscientas cincuenta de maíz; de panocha como diez y ocho arrobas; de higos pasos como cuarenta y ocho arrobas; de uvas pasas como cinco arrobas; de vino sesenta y seis tinajas de sesenta cuartillos. Tiene sembrado como seis fanegas de trigo espinguín, que va bueno.
Dista esta misión del real presidio de Loreto diez y ocho leguas, las trece hacia el sur y las cinco hacia el oriente; de la de San Xavier doce; de La Purísima diez, la mitad de mal camino. Del mar grande dista catorce leguas y del Golfo como veinte de mal camino.
En estas misiones donde el tiempo parece detenido entre la policroma belleza de sus jardines y huertos. Los tres kilómetros de distancia entre uno y otro se transitan bajo la sombra de los altos palmares y acantilados, con el suave murmullo del agua corriendo por las acequias.
Ideales para la realización de ecoturismo, turismo de aventura y turismo rural, en estas poblaciones encontrará también hermosas artesanías elaboradas por sus habitantes, como canastas, bolsas, sombreros de palma de dátil oleada, impresionantes figuras realizadas con piedra, madera de la región, utilizando instrumentos rústicos y la maravillosa creatividad de sus fabricantes.
Para llegar a este poblado lleno de historia, a 213 kilómetros de Loreto, hay que tomar como punto de referencia Ciudad Insurgentes. Se parte por la Carretera 53 que va de la Purísima y, luego de recorrer 64 kilómetros, se llega al Ejido Francisco Villa; ahí comienza un camino de terracería que conduce a San Miguel (tras recorrer 37 kilómetros) y a San José de Comondú (3 kilómetros más adelante). Ciudad Insurgentes cuenta con los servicios básicos, pero de alojamiento solamente en Ciudad Constitución a 30 minutos hacia el sur.
De esta misión se cuenta y además es cierto que un gobernador de ingrata memoria ordenó dinamitar en 1930 los restos de la vieja misión para aprovechar la piedra con que estaba construida para edificar una escuela, lo increíble es que Comondú está ubicada en una cañada en que abunda la piedra. Algunos historiadores suponen que el tipo ese que ordenó dinamitar la vieja misión era un anticlerical que hizo buen negocio vendiendo las reliquias de la misión para posteriormente destruirla para borrar evidencias. En la actualidad la iglesia no existe, solo se conservan la sacristía y la casa donde vivían los padres misioneros.
