Por su bella arquitectura se le ha considerado como "la joya de las misiones de Baja California". Su fachada es de modesto estilo barroco, donde destacan la bella puerta de arco conopial, los ornamentos en la ventana del coro y los sencillos contrafuertes que la enmarcan. En su interior conserva un magnífico retablo de estilo barroco estípite, de madera tallada y dorada, dedicado a San Francisco Javier cuya imagen se acompaña de cinco excelentes óleos con imágenes religiosas.

De las 25 misiones fundadas en la península entre 1697 y 1767, solo San Javier ha podido mantener hasta hoy el aspecto original que le dieron los jesuitas, por lo que evaluarla es un asunto de proporciones, ya que en varios sentidos puede calificarse de extraordinaria. Con ella puede competir en belleza la iglesia de San Ignacio, 200 km al norte, pero fue terminada por los dominicos después de 1768.

San Francisco Javier, fue pieza fundamental del proceso de colonización de las Californias. Sus habitantes conservan, hasta la fecha, el majestuoso templo así como tradiciones y costumbres centenarias, heredadas de los misioneros y de los colonos que los acompañaron desde 1699 cuando entraron por primera vez a la cañada de Viggé-Biaundó. Este legado constituye un patrimonio histórico, invaluable, que comprendido cabalmente por los sanjavierenses, les ayudará a fincar su identidad y afirmar su sudcalifornidad.

Joya de la arquitectura californiana”, así consideran al templo de San Francisco Javier muchos de los arquitectos que han realizado estudios al respecto, o que han conocido los templos que sembraron los colonizadores a lo largo de la ruta de las misiones, que va desde San José del cabo hasta el norte del actual estado de California, en Estados Unidos. La sobriedad de su diseño y lo macizo de su construcción, le confieren un toque de majestuosidad que otros no alcanzan.

Catorce años duro su construcción por la dificultad que hubo para acarrear la piedra del arroyo de Santo Domingo y, por otra parte, por la escasez de artesanos especializados, como: maestros de obra, albañiles y carpinteros. En 1744 inicio su construcción el Padre Miguel del Barco, tuvo que suspender los trabajos durante largos periodos, hasta que lograba tener los obreros que requería. Edificada totalmente de cal y canto, incluyendo la escalera circular que conduce al coro cuyos peldaños están hechos de piedra de una sola pieza, diseñados de tal forma que ellos mismos integran la columna que los sostiene. El conjunto arquitectónico incluyó la sacristía, una bella fuente y jardines exteriores, cementerio y casa para el misionero. Se logro concluir la obra en el año de 1759. La misión incorporó las visitas de Santa Rosalía, San Miguel de Comondú (1714-1730), San Agustín, La Presentación (1769), San Pablo y Los Dolores del Norte.

La sierra enmarca la belleza de la misión de San Javier, la segunda edificada en la California. Reúne todas las características buscadas por los misioneros evangelizadores: una fuente donde proveerse de agua en los arroyos que corren por los cañones; indios a los cuales convertir al catolicismo sin importar su estatus y una fe inquebrantable por servir a su dios. Testigo del pasado, la misión se embellece y con nostalgia se sienta en espera de los tiempos.

La iglesia de piedra, se mantiene aún en su estado original, contienen un retablo dorado con cinco óleos, traídos de México en treinta y dos cajas; estatuas de San Francisco Javier y Nuestra señora de Guadalupe y un crucifijo, todos del siglo XVIII. Dos de las campanas llevan la fecha de 1761 y la tercera de 1803. Aunque abandonada en 1817 debido a la decadencia de la población indígena, se han mantenido bajo un estado de conservación adecuado. Ésta, y la misión de Loreto, son las únicas que actualmente existen en el municipio de Loreto.

Establecieron el primer camino de herradura entre Loreto y esta población, así como con los lugares de visita, el cual se considera el inicio de la ruta de las misiones que, años más tarde se extendió a lo largo de toda la península y de la Alta California.

Como ya se menciono, fabricaron el templo más hermoso de todas las californias, afortunadamente en pie y en proceso de restauración y embellecimiento; tarea que no admite descanso.

El exterior del templo es de por sí formidable. Del Barco y sus catecúmenos no sólo se preocuparon por levantar un inmueble sólido y robusto, sino que lo dotaron de bellos decorados barrocos labrados en piedra. El interior, con tres retablos churriguerescos, es aún más sorprendente, sobre todo cuando se le admira después de haber atravesado la árida sierra de La Giganta.

Con esculturas y óleos de primera calidad, los retablos mandados a traer del colegio de Tepotzotlán, en las afueras de Ciudad México, fueron empacados en 32 cajas y a lomo de mula y en barco llegaron hasta la misión. Hoy, se hace menos de una hora en automóvil desde Loreto hasta San Javier, cuando en aquellos tiempos se necesitaban tres días sólo para ese último tramo.

Particularmente notable es la milagrosa imagen de San Francisco Javier en el retablo del altar mayor. Sus fiestas atraen devotos de toda la península y del otro lado del Mar de Cortés. La imagen tiene los ojos rasgados, como si el santo navarro se hubiera mimetizado con los chinos y japoneses a quienes evangelizó en el siglo XVI. ¿Fue ingenuidad del tallador de imágenes que la fabricó? En todo caso se trata de una escultura antológica.