El Padre Clemente Guillén, estableció la misión de San Luis Gonzaga en 1721, aunque en 1740 fue fundada por el Padre Lambert Hostell. Este mismo padre
Construyó también varias capillas en los alrededores. El Padre Hostell construyó una red de presas para irrigar los cultivos de higos, uvas y caña de azúcar, y una iglesia de piedra fue levantada.
La misión de San Luis Gonzaga está conformada por un grupo de edificaciones de gran valor histórico y arquitectónico. Destaca la iglesia de una sola nave y sus torres gemelas, que se caracterizan por la simplicidad de su diseño y por su ubicación junto a un bello manantial en medio del desierto.
Johan Jakob permaneció en esta misión durante 17 años, a su regreso a Europa escribió el libro Noticias de la Península Americana de California, uno de los estudios más discutidos e interesantes sobre la misión, la población indígena y la región colindante.
En 1750, el Padre Jacob Baegert quedó a cargo de la misión, construyendo la iglesia que existe hoy en buenas condiciones. El Padre Baegert era un leal
Escritor, haciendo un registro completo de su historia y la vida y tiempo de los nativos.
Estas obras fueron publicadas en Europa. La Iglesia contiene una estatua labrada en piedra de la Virgen de los Dolores que muy posiblemente vino de la misión de los Dolores.
Recientemente fue descubierta la estatua de San Luis Gonzaga en La Paz, que se hallaba pérdida desde 1914. Fue llevada a la misión en procesión solemne. Actualmente solo viven ocho familias en el área.
El sitio de la Misión de San Luis Gonzaga, a 28 kilómetros al oeste de la Misión Nuestra Señora de los Dolores del Sur, fue establecido inicialmente como una visita de esta misión. La misión, su población indígena y la región colindante fueron sujetas a un estudio extenso, Nachrichten von der Amerikanischen Halbilsel Californien, escrito por el padre Baeger en forma de una carta a su hermano el Padre Stanislaus Baegert. El visitador General José de Gálvez ordenó el abandono de la misión en 1768 y el traslado de sus neófitos a la Misión Santa Rosa de las Palmas.
Aunque no fue re ocupada después de 1768, la iglesia de la misión permanece en buen estado de preservación, con solamente pequeñas restauraciones en el interior. Ha sido preservada también una campana del siglo XVIII.
San Luis Gonzaga conserva huellas de su pasada prosperidad. Los edificios de la misión fueron semidestruidos por los buscadores de tesoros. Visite este hermoso e histórico paraje, que luce como una esmeralda, incrustada en la sabana gris del desierto, que nos ofrece una clara visión de la reciedumbre de los antiguos californianos que tenían resuelta la manera de vivir en perfecta armonía con su medio ambiente natural y del esfuerzo de aquellos que llevaron adelante la epopeya evangelizadora en aras de su fe.
El jesuita explorador hizo referencia a “la misión de San Luis”, cuando habla de San Luis Gonzaga y Santa María de los Ángeles:
1. En una carta enviada a Jorge Retz, misionero de San Borja en 1765, Linck señala: “Muchos indios se han establecido en la misión de San Luis, que es frontera de la región de tribus sin convertir”. Al hablar con naturalidad de este sitio, nos hace pensar que era toda una realidad y no un proyecto.
2. En otra carta, también de 1765, dirigida a Juan de Armesto, tesorero de las misiones de California con sede en la ciudad de México, Wenceslao Linck dice: “Antes que nada, quiero darle las gracias en nombre de todos los convertidos [al cristianismo] por las provisiones y artículos que usted envió a la misión de San Luis, en particular la ropa tan necesaria en este clima frío”.2
3. En el diario de Linck sobre su viaje de exploración de 1766, de San Borja a San Pedro Mártir, escribió: “El día 8 [de abril de 1766], serenando un poco el tiempo salimos y llegamos a Kataviñá y el día 10 a San Luis Gonzaga. Aquí hallamos nuestros enfermos buenos y sanos. Los gentiles me siguieron hasta la misión y todos ya se bautizaron”.
Los testimonios de Linck son contundentes e indican que para el jesuita, en su época, hubo una misión llamada San Luis Gonzaga en el actual estado de Baja California, aunque otros misioneros no la hayan consignado.
Sin embargo, a fines del siglo XVIII ya no se consideraba a San Luis como misión. El diario del entonces teniente coronel José Joaquín de Arrillaga, donde relata sus exploraciones de 1796, comienza diciendo: “Junio 24 (de 1796). A las doce del día arribé al puerto de San Luis, sin novedad. Junio 25 y 26. Me mantuve en el puerto por falta de avío de mulas. Junio 27. Llegó el avío, y salí inmediatamente” (a la misión de San Fernando Velicatá).
Es, por lo tanto, muy probable que las playas de San Luis Gonzaga hayan sido asiento misional durante la segunda mitad del siglo xviii; asimismo, que las anchas paredes fotografiadas en 1972 y 1973 fueran vestigio de alguna clase de posta o almacén, sino es que aposento de misioneros, soldados y cristianizados. Por lo tanto, el “pozo de los misioneros”, así como estas paredes y lo que quede de ellas, deben registrarse como monumentos históricos y conservarlos.
