Se fundó en 1563 con el nombre de Villa de Santa María de los Lagos. Su parroquia fue construida en 1741 con piedra rosa y de estilo barroco. Dentro de ella se puede visitar el museo La Casa del Insurgente, donde nació Pedro Moreno, independentista en cuyo honor fue rebautizada la ciudad con su nombre actual. Destaca un antiguo convento de monjes capuchinos, hoy convertido en Liceo Padre Guerra.

Luego que se establecieron las autoridades civiles en Nueva Galicia, fueron designadas las primeras autoridades de la región, siendo los nombramientos del Señor Cura de Teocaltiche y de Alcaldía Mayor del mismo lugar, teniendo como comprensión la región de Teocaltiche y Nochistlán, Zacatecas y los Llanos de los Chichimecas (Lagos).
El Virrey D. Luis Velasco para la pacificación de éstas tierras implementó varias estrategias: Primero la construcción de fuertes, presidios o baluartes en puntos estratégicos del Camino Real de Minas donde un contingente de soldados salía a vigilar el camino y acompañando a los viajeros los defendían de los asaltos chichimecas. Luego, trajeron familias del Valle de México, tlaxcaltecas, y fundaron poblaciones que sirvieran de intermediarios con los indómitos chichimecas; así nacieron San Juan de la Laguna y San Miguel de Buenavista; luego, la Real Audiencia de la Nueva Galicia ordenó a su Alcalde Mayor en Teocaltiche D. Hernando de Martel a que pasase a los Llanos de los Chichimecas y buscase un lugar donde fundar una villa española y la funda con el nombre de “Villa de Santa María de los Lagos” el 31 de marzo de 1563 con 73 familias españolas “nobles y de valor”.

Atractivos culturales y turísticos
* Parroquia de la Asunción
Data de 1732, terminada en 1784. Representa el símbolo de la ciudad y es uno de los mejores barrocos en América. Valiosa joya de la arquitectura colonial mexicana. Esta desplantada sobre altas escalinatas, su fachada es de estilo barroco anástilo (sin columnas o pilastras de apoyo), hecha toda en cantera rosa con dos torres de tres cuerpos, mostrando en el primero medallones en sus cuatro frentes rematados en cupulín con linternilla. La portada principal es de un cuerpo y remate, tiene acceso por arco de medio punto con relieves lobulados, sobre jambas tableradas; arriba del arco se observa un medallón con relieves curvos y luego la ventana coral con roleos; sobre la ventana aparece una escultura apoyada en gran peana decorada con relieves vegetales; flanquean la portada pilastras-nicho con escultura sobre peana y venera, con relieves vegetales y medallones; el remate curvilíneo, en forma de gran concha con medallón al centro y relieves vegetales. Portada lateral de un cuerpo, con arco de medio punto y roleos sobre fuadamalletas que descansan en jambas tableradas; al centro, medallones con relieves, y sobre ellos, nichos con esculturas; a los lados, pares de pilastras con medallón al centro.

El hospital cuenta con arquitectura sencilla y sobresale el conjunto de ventanales; la entrada cuenta con arcos de medio punto, y en el interior hay varios patios con arcadas de cantera. Puente del Río Lagos

* Presidencia Municipal
De principios del siglo XX, fachada en cantera de 2 niveles, portada en esquina con cubierta de cantera, frontón con el escudo nacional en relieve, balcones de herrería con repisones y columnas adosadas con dintel corintio. En el interior, arcos rebajados y fuente central mixtilínea; escalera con doble rampa y un mural pintado por el maestro José Alfredo Rosales Santiago en 1984, que simboliza la lucha del pueblo. En el actual Salón de Cabildos posee un retablo con pila bautismal rescatado de la Hacienda la Sauceda, de la cual era propietaria la familia del insurgente Pedro Moreno y en la cual fue bautizado. Rinconada de Capuchinas

El ex convento tiene fachada con contrafuertes, ventanas y puertas enmarcadas en cantera, balcones con barandal de hierro y faroles coloniales; otras fachadas muestran ventanas enmarcadas con relieves de formas vegetales y balcones. El interior tiene arcada en dos niveles, remodelados con tabique y pedazos de tezontle; quedan sólo restos de una portada original. Quinta Rincón Gallardo

* Monumento a Pedro Moreno
Ubicado en el parque del mismo nombre, escultura en bronce sobre pedestal de cantera en honor del héroe insurgente cuyo nombre lleva la ciudad. Llevando una mano derecha en actitud de defensa. Una placa conmemorativa reza: “Pedro Moreno defensor del fuerte del sombrero, degollado por la patria”.  Escuela de Artes y Oficios

Está dividido en dos partes, la del lado izquierdo es la primitiva y el complemento fue abierto en 1902. El acceso es de estilo neoclásico, con columnas toscanas, frontón recto y faroles. En el interior se pueden observar algunas elegantes obras en mármol y cantera, así como dos pequeñas capillas que se identifican por sus cúpulas

* Casa Museo de Agustín Rivera
La casa de quien fuera el sacerdote y escritor laguense que empleó parte de su obra en reivindicar a don Pedro Moreno. Data del año de 1764 y se ubica en República #499-02, a un costado de la Rinconada Capuchinas; su construcción, en cantera, es sencilla con ventanas enmarcadas y balcones de herrería. Actualmente es museo y cuenta con dos pequeñas salas donde se exhiben exposiciones temporales que son cambiadas cada cuatro meses.  

* Residencia del Conde de Raúl
Estilo barroco, data del siglo XVIII. Está ubicada en la calle Hidalgo #279. Es una de las construcciones de la época virreinal y perteneció al conde Raúl, quien fuera yerno del dueño de la rica mina de oro “la valenciana”, ubicada en Guanajuato. Es de dos plantas con tres balcones y herrería, además bellas gárgolas y faroles coloniales. En el interior sobresale una elegante escalera de rampa en ángulo. Actualmente funciona como hotel (colonial) y restaurante. Escuela "Miguel Leandro Guerra"

* Casa de la Rinconada de la Merced
De fines del siglo XVIII, su arquitectura es austera pero original, tiene fachada de dos niveles, donde destacan los balcones con barandal de cantera y una puerta con frontón triangular. Una placa testifica que en 1808 estuvo alojado ahí don Miguel Hidalgo. Actualmente, la casa es ocupada por el Restaurante Rinconada, el cual está decorado con gran variedad de fotografías antiguas de Lagos de Moreno.

* Templo de la Merced
Se inicio en 1686 y termino en 1756, es de estilo neoclásico, con nave de cruz latina y cúpula poligonal, la portada con entablamento con motivos florales y un nicho con la Virgen de la merced. En su interior sus altares son neoclásicos, trabajados en cantera con columnas corintias Plaza "Salvador Azuela"

Fiestas, Danzas y Tradiciones
El 6 de Agosto, se lleva a cabo la Fiesta Patronal convertida en feria regional. Dura dos semanas; con desfile inaugural y coronación de reina, peleas de gallos, actuación de artistas de renombre, carreras de caballos, charreadas, serenatas, callejoneadas, concursos de aficionados, exposiciones de pintura y dibujos, concursos de carreras de meseros, en burro, de bebedores de cerveza y tragones. Palo encebado, veladas culturales, corridas de toros, competencias deportivas, juegos mecánicos y teatro del pueblo, etc. 

El 31 de marzo, se celebran las Fiestas de Aniversario de la Fundación de la ciudad. Conferencias, exposiciones y paseos culturales. 

Otras festividades anuales que reúnen a las gentes de los diversos barrios y colonias de la ciudad son: 
La del 12 de enero a Nuestra Señora de Guadalupe en la Orilla del Agua. El 20, a San Sebastián, Mr., Patrono de la ciudad; y el 24, Nuestra Señora de la Candelaria en Buenavista, que se celebra desde el siglo XVI. 
La del 5 de febrero, en honor a San Felipe de Jesús; la del 28 del mismo mes San Hermión; la del 19 de marzo al  Señor San José de Capuchinas; la del 8 de junio a el Sagrado Corazón en Cañada de Ricos; y la del 13 de este último mes a San Antonio de las Huertitas; la del 4 de julio a Nuestra Señora del Refugio; la del 16 de este mismo mes a Nuestra Señora del Carmen; la del 15 de agosto a Nuestra Señora de la Asunción, Titular de la Parroquia de Santa María de los Lagos; y Nuestra Señora de San Juan de la Laguna, cuyas fiestas vienen desde el siglo XVI; este mismo día se festeja a la Virgen de la Asunción de Comanja. 

La del 8 de septiembre Nuestra Señora de la Purísima; la del 24 de septiembre a Nuestra Señora de La Mereced; la del 29 de septiembre al Señor San Miguel, en Barrio Abajo y San Miguel de Buenavista; la del 3 de octubre a Santa Teresita del Niño Jesús, en la Orilla del Agua; la del 7 de este mismo mes a Nuestra Señora del Rosario; la del 16 de noviembre a San José Moscati, en el Barrio del Panteón; la del 22 a Santa Cecilia, Patrona de los Filarmónicos, en San Felipe; la del 3 de diciembre a San Francisco Javier, en Lomas del Valle; Nuestra Señora de la Concepción de Moya; y el 12 del mismo mes a Nuestra Señora de Guadalupe, en su Santuario en Lagos y en sus templos de Las Crucitas y en El Fresno. 

La festividad de Nuestra Señora de La Luz, cuya festividad es movible y la del Día de los Muertos que se celebra el 1 y 2 de noviembre de cada año.