El territorio colonense ya se encontraba habitado por Otomíes, cuando en el siglo XV quedó en poder de los Chichimecas Jonaces, quienes expulsaron a los primeros hacia el Sur. En 1531, los Otomíes, aliados con los españoles y al mando de su principal caudillo, volvieron a ocupar el territorio estableciendo un presidio en las fronteras de Hospadá (voz otomí que significa "Lugar de zopilotes") al que llamaron San Isidro.
El Municipio de Colón se localiza en la parte Noroeste del estado. Cuenta con una extensión territorial de 764.96 kilómetros cuadrados, que corresponden al 7.1% de la superficie total del estado, ocupando el séptimo lugar en extensión territorial.

Las principales especies son pino, encino y oyamel; el tipo de vegetación arbolada predominante es el bosque de pino y de encino, con escasa masa de puras coníferas. 

Abundan diferentes especies propias del semidesierto: nopal, garambullo, granjeno, sábila, maguey y huizache. 

Existen minas importantes como la de San Martín que se destaca por su producción en oro y plata, y en diferentes zonas del municipio como Los Quiotes, El Crucero, El Lindero y el Ejido Esperanza, donde se cuenta con minas de caolín y arenilla pómez. 

Las minas de arena y arenilla aportan materia prima para fabricar block y tabicón. Además existen bancos de sillar. 

La Cabecera Municipal se localiza a una distancia de 59 km de la Capital del Estado, de los cuales 16 km se recorren por la carretera federal no.57 (autopista México - Querétaro) para posteriormente recorrer 33 de la carretera interestatal Tolimán - Querétaro No 100; a la altura de la comunidad de Ajuchitlán, se toma la carretera interestatal No 110, donde se recorren los 10 km restantes para llegar a la Cabecera Municipal.

En materia de comunicación y transporte el municipio de Colón cuenta con una amplia gama de servicios como taxis, taxibuses y camionetas de carga, que cubren la demanda interna de la Cabecera Municipal y algunas comunidades. Completan el transporte, líneas foráneas de autobuses y dos vías de ferrocarril que cruzan por las comunidades de Viborillas, San francisco y San Vicente.

En la Cabecera Municipal existe una Terminal de Autobuses que tiene salidas diarias a la Capital del Estado y a diversas comunidades. Este servicio se presta de las 5:00 a las 21:00 hrs, todos los días de la semana.

Dentro del territorio colonense, en la comunidad de Galeras, se localiza el aeropuerto intercontinental de Querétaro; importante detonador en el desarrollo de este municipio.

Las más bellas pinturas en lienzo, se encuentran en el Santuario de Soriano:"La Oración del Huerto" y "La Sepultura de Cristo", obras de Rosario Balvanera realizadas en 1912.

Las aguas termales del balneario "1492": Fue inaugurado en 1972 con objeto de proporcionar un espacio adecuado para el sano esparcimiento familiar. Actualmente cuenta con dos albercas, chapoteadero, regaderas, vestidores, sanitarios, canchas deportivas, palapas, fuente de sodas y áreas verdes. Está ubicado en la Cabecera Municipal.

El campo de tiro: Se estableció en 1956, permite la realización anual de un torneo (el 12 de octubre), así como la práctica cotidiana de tiro.

Existe una zona a la que se denomina "Los Pilones" en la comunidad de Ejido Patria. Tal nombre es relativo a la forma cónica que tienen las rocas. En esta zona se encuentran grabados y pinturas rupestres, además de algunas cavernas que sirvieron de refugio a los cristeros. Otras pinturas rupestres son localizadas en el Ejido Patria con acceso por la comunidad de El Potrero.

Esta zona arqueológica es ideal para la exploración de sus caminos con pendientes escabrosas, arroyos, cañadas y oquedades.

Otro atractivo turístico que ofrece el municipio es la Presa Colón ubicada en la comunidad de El Poleo, a diez minutos de la Cabecera Municipal por la carretera Colón-Tolimán, en este lugar se pueden dar paseos en lancha y se puede practicar la pesca, además cuenta con los servicios de restaurantes y palapas.

La Alameda de Ajuchitlán, es otro sitio de interés que se encuentra en la comunidad del mismo nombre y que cuenta con un lago, servicio de restaurante y lugares deportivos.

Por último, destaca el Pinal de Zamorano, nombre que reciben dos cerros con especies forestales de madroño, oyamel y encino; los que por su vasta vegetación es una zona propicia para el campismo. Cuenta con un parque recreativo y dos cabañas con capacidad para 30 personas cada una, además de un mirador. Complementa el paisaje de esta zona la Peña del Carmen, la cual es sede de las repetidoras de una compañía televisiva privada y delimita territorialmente los estados de Querétaro y Guanajuato.

Atractivos culturales y turísticos
Colón cuenta con varios sitios de atracción turística que aportan a sus habitantes y visitantes cultura y esparcimiento.

Monumentos Históricos
* La Presidencia Municipal o "Casa de Mota" y la Casa Landa verde o de Espino Uribe: Fueron edificadas a fines del siglo XVIII y principios del XIX.

* El templo de San Francisco de Asís y de Santo Domingo de Guzmán: Son obras de fines del siglo XVII.

* San Antonio: Arquitectura neoclásica de sillar.

* El Santuario de Soriano: Fue construido en 1880 debido a la gran afluencia de peregrinaciones para venerar la imagen de la Virgen de los Dolores la cual fue trasladada en 1703 de Zimapán, Hidalgo a Maconí en Cadereyta y posteriormente a Santo Domingo, en donde estuvo casi dos siglos hasta que se concluyó su nuevo templo, hoy Santuario de Soriano, Colón. Este templo tiene características arquitectónicas del Neoclásico que se ubica anexo al templo de Santo Domingo, en el barrio del mismo nombre. Existen además las exhaciendas de arquitectura colonial que datan de los siglos XVI, XVII, XVIII y XIX y un exconvento.

* El pequeño templo de Santo Domingo: Ubicado en el Suroeste de la localidad de Colón se concluyó en 1703, debido al empeño de los frailes Dominicos por poseer un recinto donde evangelizar a los Chichimecas que habitaban en la región.

* Los templos de la Esperanza y Zamorano junto con los cascos de hacienda en donde están ubicados, fueron construidos en 1880 y 1912.

* Santa María de los Dolores: Escultura elaborada de madera policromada de 65 centímetros de altura, durante el siglo XVII. En los templos existen esculturas de diversos santos, realizados bajo la técnica de media talla en madera policromada.

Flora
La vegetación se compone de bosque de pino, encino y mezquite, además de arbustos como palo bobo, uña de gato, hitsachem, granjeno y algunos cactus como nopal, biznaga y cola del diablo.

Fauna
La fauna se compone principalmente de coyote, zorra, liebre, conejo, gatillo montés, puma y en las zonas altas la presencia de venado. Además existe una gran variedad de aves silvestres de las que destacan el cenzontle, gorrión y diferentes clases de paloma.

Fiestas y Tradiciones populares
Destaca la fiesta religiosa en honor a la Virgen de los Dolores de Soriano; ésta se celebra una semana antes de la Semana Santa y durante la misma; la cual se lleva a cabo en la localidad de Soriano, a 1 kilómetro de la Cabecera Municipal.

Clima
El clima predominante en la región es templado, semiseco, con una temperatura media anual de 17.4°C. El mes de enero presenta las más bajas de 1.8°C.El período de precipitaciones pluviales se presenta en verano.