El territorio de Huimilpan estuvo ocupado por un buen número de culturas, entre ellas destacan la Otomí, que dejó huella y aún existen pobladores con las características de esta cultura.

A lo largo del río Huimilpan, se han localizado dos zonas arqueológicas; una de ellas se encuentra en la parte Sur del municipio, en la comunidad de San Pedro Norte, en el Cerro de Capula, compuesta por cuisillos que fueron construidos por alguna cultura no identificada aún. Se cree que estos pobladores pudieron haber sido de la cultura tarasca, ya que en Chupícuaro (Guanajuato) existía un gran asentamiento humano. En realidad no se han realizado estudios arqueológicos que nos permitan definir esta cultura, ni de la segunda zona, que se ubica en la parte Norte del municipio, en las comunidades de La Puerta del Tepozán, Carranza, El Vegil, El Milagro, El Garruñal y El Zorrillo.

Se dice que habitaron estas tierras los Teotihuacanos, los Tarascos y los Otomíes; que este territorio era frontera entre Tarascos y el Reino Azteca, pero un estudio que soporte lo anterior no existe aún. A la llegada de los conquistadores se encontraron con dos culturas, por un lado la de los Chichimecas, cultura nómada que se dedicaba a la caza, pesca y recolección de frutos, y la Otomí que era sedentaria y cultivaba el maíz, la calabaza, el chile y el jitomate, patrón.

Retomando los estudios ahora realizados a través de excavaciones extensivas, tenemos las llevadas a cabo a finales del año 2002 por parte del Instituto Nacional de Antropología e Historia y el Ayuntamiento de Huimilpan.

El territorio de Huimilpan estuvo ocupado por un buen número de culturas, entre ellas destacan la Otomí, que dejó huella y aún existen pobladores con las características de esta cultura.

La conquista del pueblo de Huimilpan se llevó a cabo el 10 de julio de 1529, por el Capitán de Entradas Don Nicolás de San Luis Montañés, descendiente de Reyes y Emperadores de los Reinos de Tula y Xilotepec.

Municipio de hermosos paisajes y zonas arboladas, su cabecera municipal fue fundada en 1529.

El municipio de Huimilpan se encuentra localizado en el Suroeste del estado de Querétaro. Cuenta con una superficie de 396.2 kilómetros cuadrados, ocupando el lugar 14 respecto a los demás municipios del estado de Querétaro.

Atractivos culturales y turísticos
* El municipio cuenta con la Parroquia de San Miguel Arcángel, misma que fue fundada en 1716. Desde sus primeros años de servicio hasta 1800 perteneció a la Orden de los Franciscanos, en 1800 pasa a ser vicaría de Amealco y fue hasta 1941, cuando pasa a ser parroquia. El templo ha sufrido varios cambios, en los primeros años fue una capilla, en 1955 el Padre José Bautista construyó los cruceros, sus bóvedas de tipo árabe y el frente perteneciente al siglo pasado, su atrio en tiempos pasados fungió como cementerio. También se encuentra una cruz que data de 1764.

* El kiosco municipal del Jardín Hidalgo: Fue construido en 1910 por personas que eran detenidas o que cometían algún delito y que trabajaban gratis uno o dos días en la construcción del mismo. Existe un acueducto construido en el año de 1939. Las fachadas de las casas que se encuentran alrededor del Jardín Hidalgo datan de los siglos XIX y XX. Asimismo, hay 10 haciendas de la época colonial y un buen número de ellas se encuentran en buenas condiciones: Los Cués, Santa Teresa, Lagunillas, El Vegil, Apapátaro y Carranza.

Museos
En la comunidad de San Pedro, se cuenta con un museo comunitario que está formado en su mayoría por piezas prehispánicas, mismas que han sido recolectadas por los habitantes de la comunidad.

Zonas Arqueológicas
A lo largo del río Huimilpan, se han localizado dos zonas arqueológicas; una de ellas se encuentra en la parte Sur del municipio, en la comunidad de San Pedro Norte, en el Cerro de la Capula,

De igual forma puede visitar la presa de San Pedro donde se efectúa la pesca, el remo y el campismo. Otro de los atractivos turísticos es el Parque Ecológico Recreativo, que se ubica en la Ceja de Huimilpan y es una zona reforestada. Aquí se puede practicar el campismo.

Fiestas, Danzas y Tradiciones
En la comunidad de San Pedro, el 31 de enero se celebra el Día de San Juan Bosco, patrono de la comunidad. Las actividades principales son la misa celebrada por el Obispo y el comercio informal que se genera ese día. 

Las celebraciones de Semana Santa en la comunidad del Vegil son muy especiales puesto que la representación de la muerte de Cristo se hace en vivo. Estos días se les da de comer a todos los asistentes a la fiesta, gastos que corren a cargo de los mayordomos que son los organizadores de estos festejos. 

El 15 de mayo en la Cabecera Municipal se festeja a San Isidro Labrador, patrono de los campesinos; haciendo un recorrido con el Santo por todos los terrenos de siembra para pedir buen tiempo, que no falte agua y no mande tormentas para lograr buenas cosechas. El santo es acompañado por música de viento y se celebra una misa en un área del ejido Huimilpan conocido como "Ojo de Agua" y las yuntas se adornan con papeles de colores muy llamativos. 

El 10 de julio es aniversario de la fundación de Huimilpan; en septiembre es la feria y se festejan las Fiestas Patrias; el 29 se festeja a San Miguel, Patrono de la ciudad; el 2 de noviembre se celebra el día de muertos; el 12 de diciembre a la Virgen de Guadalupe y del 16 al 24 de diciembre se realizan las tradicionales posadas navideñas en la Cabecera Municipal. 

Artesanías
El municipio de Huimilpan cuenta con un gran número de bancos de cantera en las comunidades de Lagunillas, La Ceja de Huimilpan, Neverías, Pío XII, La Cuesta, El Salto de la Cantera, Paniagua, El Mirador, La Presita, Puerta del Tepozán y El Zorrillo. Las artesanías que ahí se elaboran son: fuentes, fachadas, columnas, ceniceros, esculturas y toda clase de figuras, ya sea para adornos como para la construcción.