Después de hacer varios intentos por evangelizar a los indios chichimecas que se encontraban en Ranas, en lo que hoy es actualmente la cabecera municipal y debido a lo indómito de estos, varios fueron los intentos de los frailes por querer cristianizar es casi a finales de año de 1682 (13 de noviembre) cuando llegan a Ranas, el capitán Gerónimo de Labra, general protector de todas las naciones de indios chichimecas de esta Sierra Gorda y el Padre Fray Nicolás de Ochoa, para llevar a cabo la fundación de San Joaquín, tocándonos ser la segunda posesión después la cabecera de la misión de San Buenaventura de Maconi.

Aun que el tiempo de vida de estas misiones fue muy cortó por los constantes ataques de que eran objeto los indígenas por los españoles, estos se mantuvieron firmes favorecidos por las condiciones que les ofrecía la sierra.

El nombre de San Joaquín aparece en la lista de las municipalidades que fue publicada en el Diario Oficial “ La Sombra de Arteaga “ con motivo de la publicación de un decreto de ley aprobado por la XXXII legislatura y promulgado por el gobernador C. Noradino Rubio Ortiz, el 3 de julio de 1941, en el cual se establecen las 18 municipalidades del estado y de este municipio dice San Joaquín, la Villa de su nombre con sus barrios y subdelegaciones, dependientes directamente de la presidencia municipal; dándose la creación del municipio de San Joaquín con la segregación del municipio de Cadereyta de Montes.

San Joaquín, es un municipio que ha tenido grandes avances para adecuarse a las transformaciones que día con día se dan en todo el país, por lo que es un pueblo progresista que cuenta con todos los servicios y con el apoyo de sus autoridades y de su gente. 

Se estima que la población del municipio es de 8957 habitantes información proporcionada por centro de salud de san Joaquín, de acuerdo con los censos de población que realizan periódicamente de los cuales 4404 son hombres y 4553 son mujeres la densidad de población es de 18 habitantes por Km2y con un crecimiento anual de un 17 %. La mayor concentración de la población se encuentra en la Cabecera Municipal, con 2203 habitantes.

San Joaquín es un hermoso municipio poseedor de exuberantes paisajes boscosos; cascadas, grutas y una sorprendente zona arqueológica complementan el panorama. También deben conocer las pinturas rupestres de El Durazno, Los Azogues y San Francisco Gatos; Las Grutas de Los Herrera, es un lugar cuya visita es obligada, así como las de Santa Ana y Los Hernández.

En Abril de cada año, desde 1970, se realiza el Concurso Nacional de Huapango (Música popular de la Huasteca) que, por su calidad, el INBA (Instituto Nacional de Bellas Artes) lo ha clasificado como el tercero en importancia a nivel nacional.

Este Municipio se ubica al noroeste del estado, a 135 kilómetros de la Ciudad de Santiago de Querétaro; limita con los Municipios de Jalpan, Cadereyta y Pinal de Amoles. Su temperatura anual es de 13 C, pero en invierno puede descender hasta 2 C y su altura es de 2,400 metros sobre el nivel del mar.

Atractivos turísticos

* Grutas de los Herrera
Es un ejemplo de la majestuosidad con que la naturaleza a tratado a esta bella tierra, en su interior se puede admirar las formaciones de estalactitas y estalagmitas que son formaciones de más de 100millons de años, estas formaciones que se han originado a través de las filtraciones del agua, dando origen a la formación de rocas de figuras caprichosas como la sala del Cocodrilo, la sala de rey, el salón de los corales, el paso de la selva.

* Las cavernas del área de San Joaquín 
El área de San Joaquín con 499Km2, está delimitada al norte por el río Extoráz al sur por la sierra del Doctor y por el rió Moctezuma y al este por el rió Moctezuma y al oeste por la sierra del Doctor. Esta zona presenta en general muchas fracturas y pliegues estructurales con desniveles muy pronunciados que van desde los 2680 metros sobre el nivel del mar en la unión de los ríos Extoráz y Moctezuma. 

Para fijar la edad de estas rocas y por lo tanto hacer un aproximado en relación a la edad que tiene la zona de San Joaquín, se han tomado como base los estudios de folies marinos localizados en la zona. La presencia de algunos rudistas y gasterópodos del grupo Actonella, han permitido fijar la edad de las calizas, que van desde los 70 a 120 millones de años atrás.

* Exploraciones espeleológicas en el área de San Joaquín
Las primeras exploraciones a las cavernas de San Joaquín comienzan en 1977 por los espeleólogos texanos: Paty Mothes Roy Jamenson de la AMCS ( association for Mexican Cave Studis ) y con la ayuda Chris Art, exploraron varias cavidades de San Joaquín, durante sus expediciones de 1977 y 1978 .de esas exploraciones se tiene las siguientes cavernas “ La Gruta de los Herrera “, “ La Cueva del Salto ”, “ El Sótano de los Hernández ”, que hasta la fecha se considera la cavidad más profunda de área de San Joaquín, “ El Sótano de campo alegre “ y cavidades de la zona de los pozos.

Fiestas, Danzas y Tradiciones
* Las festividades de mayor relevancia en el municipio son las tradicionales fiestas de agosto que datan de hace más de ciento treinta y cinco años. Destaca la tradicional Comida de la Amistad, a la cual se ha registrado la asistencia de más de diez mil personas.

* Una de las manifestaciones folklóricas y culturales de San Joaquín con mayor relevancia en la República Mexicana es la celebración del Concurso Nacional de Baile de Huapango que se realiza en el mes de abril. En dicho evento se ha registrado la participación de más de cuatrocientas parejas por año. 

El Huapango es de origen hispánico, esto lo atestiguan los instrumentos de cuerda que lo acompañan y son: un violín, que es el que lleva la melodía, una jarana y una guitarra quinta o huapanguera, estos dos últimos instrumentos llevan el acompañamiento ejecutando los requinteos y los contrapuntos y son llamadas guitarras de golpe. El canto del Huapango tiene la característica de elevar la voz, lo que se conoce como falsete, siendo la música predilecta en toda la región huasteca.

En la actualidad en este Concurso Nacional de Huapango se congregan más de 300 parejas de huapangueros de la República. El jurado se integra con los mejores elementos nacionales en las especialidades de música, coreografía, vestuario tradicional, etc., quienes aplican un criterio imparcial y evidencian sus amplios conocimientos.

Artesanías
Existe una gran variedad de productos elaborados principalmente a base de madera: muebles de tipo colonial y artesanías. Pero también destaca la elaboración de licores dulces, conservas de manzana y una amplia variedad de tejidos de gancho.

Gastronomía
Los platillos típicos del municipio son la carne de puerco en salsa verde con nopales; el mole, los chicharrones de res y la tradicional barbacoa de borrego.