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Conjunto A, Al noreste del sitio y separado del resto de los conjuntos por un arroyo que conecta una laguna con la otra, se localiza este conjunto. Se trata de varios núcleos de construcciones y de grandes obras de adaptación a la topografía.El primer núcleo está formado por un basamento piramidal escalonado que se localiza al este del conjunto, el cual no ha sido aún explorado. El segundo núcleo ocupa una posición más central y consta de tres basamentos. Mediante terrazas, plataformas y escalinatas –de proporciones monumentales, como la de acceso a la llamada acrópolis– y el terraceado de la colina –en cuya parte superior se asienta un tercer núcleo–, se modificó la topografía del lugar.

Desde este peñón se domina el sitio que, por su naturaleza, constituye no sólo un punto defensivo sino también, por su relación con el Cenote Azul, un sitio de ofrendas al agua; además, desde ahí, se dominan ambas lagunas y la totalidad de la ciudad.La acrópolis está formada por cinco construcciones, la que se sitúa al norte es un basamento piramidal de cinco cuerpos escalonados con los paramentos en talud; los tres superiores presentan amplias cornisas. En su fachada sureste se desplantan escalinatas con alfardas; un altar adosado al centro cubre los primeros escalones.

En la parte superior existen restos de un templo formado por dos crujías de planta rectangular. Al frente de este basamento se localizan otros tres de menor altura, también con escalinatas en sus fachadas sur. Al este del conjunto se ubica el quinto basamento –de por lo menos dos cuerpos y al borde superior del Cenote Azul– desde donde eran lanzadas parte de las ofrendas. Durante el proceso de exploración y consolidación de estas estructuras arquitectónicas, se recuperaron varios conjuntos de ofrendas consistentes en cerámica, placas de concha, huesos de ave, navajas de obsidiana, piedras de molienda y figurillas.

Es importante destacar que las construcciones de la acrópolis y la gran escalinata de acceso corresponden a dos etapas constructivas. El Cenote Azul y las lagunas jugaron un papel importante en el sitio, no sólo desde el punto de vista del aprovisionamiento del agua, sino también por el sentido religioso que tenían. En 1970 se realizó la exploración parcial del Cenote Azul; primero se abatió, mediante bombeo, el nivel del agua; luego, con el empleo de técnicas normales de la arqueología, se realizaron los trabajos.

El resultado fue la recuperación de objetos de cerámica, copal, cuentas de piedra verde, hachas, navajas de obsidiana y restos óseos. Es interesante mencionar que este procedimiento permitió detectar las siguientes modalidades para ofrendar al agua: los objetos eran arrojados desde la acrópolis, desde cualquier punto del borde o eran depositadas en nichos subacuáticos por individuos. De las ofrendas recuperadas, la representación más frecuente es la de Chac, dios de la lluvia.Conjunto B, este conjunto se sitúa en una colina baja y ocupa la porción central del sitio, que aún no se está explorado. Se sabe que consta de una gran plaza cuyo lado norte está limitado por tres basamentos piramidales con cuerpos escalonados.

En el extremo este se ubica una plataforma de planta rectangular. La parte alta de la colina se encuentra adaptada con terrazas y plataformas bajas.Conjunto C, se ubica en el extremo sur del sitio; al igual que en los demás conjuntos, se aprovechó la topografía de la colina, en cuyas laderas se construyeron terrazas y plataformas. Sobre la parte superior es posible apreciar una plaza central y los edificios que la circundan. Juego de Pelota, Se localiza al oeste del Conjunto C; los especialistas lo clasifican dentro del tipo cerrado; tiene forma de dos "T" unidas por la base. El extremo norte es mucho más amplio que el sur. Al igual que otras estructuras de juego de pelota, el de Chinkultic presenta taludes y muros verticales.

A diferencia de otros de Mesoamérica, en éste no existen los anillos; los marcadores estuvieron en la cancha y eventualmente en los taludes interiores. De este edificio procede el famoso relieve que representa a un jugador de pelota en acción y que se encuentra en el Museo Nacional de Antropología de la Ciudad de México. Es notable el conjunto de estelas en relieve con representaciones de personajes ricamente ataviados e inscripciones jeroglíficas; en su mayoría proceden del este del Conjunto C y cronológicamente se sitúan en el Clásico Tardío. Conjunto D, Se localiza hacia el sureste, inmediatamente después del Conjunto B, el cual se asienta sobre la ladera sur; aún está sin explorar. De los restos de terrazas y plataformas, destaca un gran basamento piramidal.