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Imponente templo de estilo neoclásico
Por la calle Hidalgo, dos cuadras al sur de la catedral, surge el imponente templo de San Juan Nepomuceno; terminado en 1779, en su amplia y monumental nave tiene una excepcional colección de pinturas del siglo XVIII hechas por religiosos de la Compañía de Jesús, y una cuadra al sur del templo está el edificio del antiguo Colegio de San Juan Nepomuceno, de excelente reputación, fundado por los jesuitas a finales del siglo pasado y del cual fue alumno Francisco I. Madero.Actualmente esta construcción aloja el extraordinario Museo de las Aves de México, aunque no se conoce en verdad la exacta fundación del templo, existe un dato proporcionado por el sacerdote Enrique Ureña que dice que en el año 1777 ya existía una capilla de adobe.
En 1878 se fundó el Colegio de San Juan por el doctor Francisco de P. Verea, obispo de la Diócesis de Linares, que tuvo una gran reputación como centro escolar, siendo su primer director el presbítero Ignacio Velasco, y en 1879 el rector del Colegio puso la primera piedra para una iglesia nueva que se terminó de construir en 1890, que es el edificio actual.
El 24 de mayo de 1914 fueron expulsados los jesuitas durante la revolución, el colegio fue clausurado y no volvió a trabajar, pero la construcción del templo fue continuada en 1915 y el 30 de abril del mismo año se abrieron las puertas al culto.
La arquitectura de San Juan Nepomuceno es neoclásica, en 1918 se restauró la parte del edificio junto a la iglesia que constituye el lugar de residencia de los sacerdotes, y en 1942 se derrumbó la primera cúpula de líneas más bellas que la actual.
En 1912, el padre Gonzalo Carrasco pintó en los muros de la iglesia las reproducciones que representan el viacrucis, los cuadros son La oración del huerto, El encuentro con Nuestra Señora, La crucifixión, El descendimiento y La soledad de Nuestra Señora.
Luego Manuel Tapia y Antonio Frías, ayudantes del padre Carrasco, realizaron un cuadro original, “El nacimiento”, que se encuentra en la capilla del Sagrado Corazón y el de “María Reina con los santos de la Compañía de Jesús”.
Bajo la cúpula, el feligrés puede observar a los cuatro evangelistas: Mateo, Marcos, Lucas y Juan, más arriba, en los vitrales verticales, están retratados San Ignacio, San Antonio de Padua, el Sagrado Corazón, la Virgen María, el Padre Pro, San Martín de Porres, San Francisco de Asís, San Juan Diego y Luis Gonzaga.
Los vitrales de las ventanas laterales contienen un diseño de vivos colores y cuatro temas: la resurrección del Señor, los discípulos de Emaús, la ascensión del Señor y Pentecostés, ya que las pinturas del padre Carrasco nos recuerdan los momentos de sufrimiento que padeció Cristo, los vitrales llevan temas de la resurrección.
San Juan Nepomuceno mártir de la confesión, propuesta de estar en gracia de Dios; se negó a romper el secreto de la confesión, lo que causó la ira del Rey Wenceslao IV de Bohemia Checoslovaquia. Su respuesta al Rey fue "Hay que obedecer a Dios antes que a los hombres."
Protector contra las calumnias, en 1725 una comisión de sacerdotes, médicos y especialistas examinó la lengua del mártir que estaba incorrupta pero seca y gris; de pronto se empieza a esponjar y aparece un color carne fresca, siendo éste su cuarto milagro para declararlo santo.
Fue beatificado el 13 de mayo de 1721 y el 19 de marzo de 1729 canonizado por el Papa Benedicto XIII, quien asignó el 16 de mayo como la fecha de su festividad.
